- 空氣中懸浮微粒： 畜舍內的粉塵、毛髮、皮屑、脂多醣（內毒素）容易導致呼吸系統疾病，如過敏性支氣管炎、慢性阻塞性肺病。
- 人畜共通傳染病： 接觸排泄物、體液或被動物咬傷、抓傷，可能感染狂犬病、鉤端螺旋體、布氏桿菌症、鸚鵡熱等。
- 有毒氣體： 糞尿廢水貯存坑會釋放高濃度的氨、硫化氫 若在通風不良處吸入，會引起窒息、中樞神經麻痺，甚至致命。
- 消毒劑： 定期清洗畜舍所使用的殺蟲劑、消毒劑可能對皮膚、眼睛造成刺激，產生神經性危害。
- 侷限空間作業： 廢水處理槽、糞坑清理容易因缺氧或累積有毒氣體造成溺斃或中毒。
- 機械與車輛： 作業中容易發生機械捲夾、被車輛撞擊的事故。
- 作業環境： 高溫環境容易引發熱中暑；濕滑地板易導致跌倒。
- 建築構造： 屋頂修繕時易發生高處墜落的危險。
- 肌肉骨骼受傷： 頻繁搬運重物（飼料、垃圾）、不自然的姿勢（彎腰）可能導致下背痛、肌肉韌帶拉傷。